I docenti del Dipartimento afferiscono a gruppi (sezioni) caratterizzate dall'ambito di ricerca: fisica sperimentale delle alte energie, fisica della materia, fisica teorica, astrofisica e fisica medica.  Il personale tecnico amministrativo del Dipartimento afferisce a due sezioni, caratterizzate dalla funzione: tecnici di laboratorio, personale amministrativo.  Ogni sezione ha un coordinatore, e molte discussioni preliminari si svolgono all'interno delle sezioni.

Ognuna delle 7 sezioni ha un referente che rimane in carica 3 anni, eletto a scrutinio segreto (dopo il primo periodo di transiente):

Tecnici laboratorio: E. Maccioni (sino a novembre 2020)

Personale amministrativo:  

Fisica sperimentale delle interazioni fondamentali: F. Forti (sino a febbraio 2024)

Fisica della materia: A. Tredicucci (sino a febbraio 2024)

Fisica teorica e storia della fisica: D. Rossini (sino a novembre 2024)

Astrofisica: S. Degl'Innocenti (sino a novembre 2023)

Fisica medica: V. Rosso (sino febbraio 2024)